Βασική διαφορά: πρόκειται για γονίδια που δε συνδυάζονται ανεξάρτητα επειδή εδράζονται στο ίδιο χρωµόσωµα!

Πρώτες µελέτες γενετικής σύνδεσης: το 1911, ο Thomas Hunt Morgan μελέτησε γονίδια που βρίσκονται συνδεδεµένα στο χρωµόσωµα Χ στη μύγα Drosophilla melanogaster.

Κατά τη µείωση τα αλληλόµορφα ορισµένων γονιδίων µεταβιβάζονται µαζί επειδή βρίσκονται το ένα κοντά στο άλλο, στο ίδιο χρωµόσωµα.

Όμως, λόγω της ανταλλαγής τµηµάτων οµόλογων χρωµοσωµάτων στον επιχιασμό (πρόφαση πρώτης μειωτικής διαίρεσης), υπάρχει δυνατότητα εμφάνισης συνδυασμένων γονοτύπων αλλά σε ποσοστά διαφορετικά από αυτά που θα είχαμε εάν τα γον΄ιδια δεν ήταν συνδεδεμένα.

1. Χίασµα = το σηµείο στο οποίο συµβαίνει φυσική ανταλλαγή τµηµάτων γενετικού υλικού σε ένα οµόλογο ζεύγος χρωµοσωµάτων (θέση του  διασκελισµού)

2. ∆ιασκελισµός = αµοιβαία ανταλλαγή τµηµάτων µεταξύ των µη αδερφών αδερφών χρωµατίδων σε αντίστοιχες θέσεις κατά µήκος των οµόλογων χρωµατίδων. Περιλαµβάνει τη ρήξη και  επανασύνδεση των δύο χρωµατίδων. Επίσης ονομάζεται επιχιασμός και χιασματυπία.

Εντοπισµός της σύνδεσης  γονιδίων γονιδίων γίνεται µέσω διασταυρώσεων ελέγχου.

∆ιασταύρωση ελέγχου = διασταύρωση  ενός ατόµου µε ένα άλλο το οποίο είναι οµόζυγο και  υποτελές ως προς όλα τα γονίδια  που µελετώνται.