Он был сыном причетника, начальное образование получил дома. В 14 лет Петр был принят в Пермскую семинарию, по окончанию которой, в 1863 году поступил по конкурсу в Санкт-Петербургскую духовную академию. В 1868 году Макушин переехал в Томск смотрителем духовного училища, но скоро оставил службу.

В 1873 году он открыл первый в Сибири книжный магазин, под фирмой «Михайлов и Макушин». В конце XIX века эта фирма была самой крупной книготорговой фирмой во всей Сибири, имела отделения в Иркутске и некоторых других городах.

В 1889 году по инициативе Петра Ивановича в Томске положено начало музею прикладных знаний. В этом же году Санкт-Петербургский комитет грамотности присудил Макушину золотую медаль Императорского вольно-экономического общества за особо выдающиеся труды по народному образованию