Στις 24 Ιανουαρίου του 1897, κι ενώ τα Χανιά είχαν παραδοθεί στις φλόγες, περίπου 100 επαναστάτες συγκεντρώθηκαν στο Ακρωτήρι, αποφασισμένοι να διεκδικήσουν με κάθε μέσο την ένωση. Μεταξύ αυτών και ο Βενιζέλος που, μετά τα πρώτα γεγονότα, ξεχωρίζει και αναδεικνύεται σε πρωταγωνιστή των εξελίξεων. Στη συνέχεια, στο Ακρωτήρι προστέθηκαν και άλλοι επαναστάτες, που, με την ενθάρρυνση της ελληνικής κυβέρνησης με πρωθυπουργό τον Θεόδωρο Δηλιγιάννη, κήρυξαν την ένωση με την Ελλάδα. Τις επόμενες μέρες η κυβέρνηση της Ελλάδας, έστειλε στρατό στην Κρήτη, παρά τη θέληση των Δυνάμεων, οι οποίες έθεσαν τη μεγαλόνησο υπό την προστασία τους.

Στο μεταξύ, οι επαναστάτες είχαν προωθηθεί στις θέσεις Φρούδια και Προφήτης Ηλίας στο Ακρωτήρι, για να βρίσκονται πιο κοντά στα Χανιά. Οι Μεγάλες Δυνάμεις, για να αποτρέψουν τη σύγκρουση, δημιούργησαν ουδέτερη ζώνη μεταξύ Κρητικών και Τούρκων.

Οι ναύαρχοι του αγκυροβολημένου στον κόλπο των Χανίων στόλου των Δυνάμεων απαίτησαν να αποσυρθούν οι επαναστάτες στις προηγούμενες θέσεις τους, αλλά εκείνοι αρνήθηκαν. 

9 Φεβρουαρίου 1897,

ο Ιταλός Κανεβάρο, επικεφαλής των ναυάρχων, διέταξε το βομβαρδισμό του 

Επαναστατικού Στρατοπέδου.

Μια οβίδα έσπασε τον ιστό της υψωμένης ελληνικής σημαίας και τότε ο πολεμιστής Σπύρος Καγιαλεδάκης, με αυτοθυσία, εν μέσω πυρών, την ύψωσε ξανά. Το γεγονός του βομβαρδισμού προκάλεσε πανελλήνια συγκίνηση και διεθνείς αντιδράσεις. Σε πολλές ευρωπαϊκές πόλεις έγιναν διαδηλώσεις και ασκήθηκε οξύτατη κριτική για τη στάση των Δυνάμεων.

Το επεισόδιο της σημαίας εμψύχωσε τον μαχόμενο κρητικό λαό και έγινε ακατάλυτο σύμβολο της κρητικής ελευθερίας.

Ο Βενιζέλος συνέταξε έντονη διαμαρτυρία προς τους ναυάρχους, που την υπέγραψαν όλοι οι οπλαρχηγοί, διακηρύσσοντας την αποφασιστικότητα των επαναστατών να συνεχίσουν τον αγώνα τους.

Το θωρηκτό ΥΔΡΑ το 1897 μαζί με άλλα πλοία είχε σταλεί στην Κρήτη, για να προστατεύσει τον διωκόμενο χριστιανικό πληθυσμό του νησιού από τους Τούρκους και να υποστηρίξει τον Ελληνικό στρατό υπό τον Συνταγματάρχη, Τιμ. Βάσσο που είχε αποβιβαστεί στο Κολυμπάρι.

Ο Κωνσταντίνος Κανάρης εγγονός του πυρπολητή είχε δώσει στους επαναστάτες μια μεγάλη πολεμική σημαία με το σταυρό και με μια κορώνα στη μέση.