Najbardziej znany polak na świecie rozpoczął swoją poważną karierę naukowca od studiów na Akademii Krakowskiej i skupiając się na matematyce i astronomii. Poznał wówczas Bernarda Wapowskiego, z którym przyjaźnił się do końca życia oraz został wyświęcony na kanonika warmińskiego.

Ukończywszy studia cztery lata później wyjechał z bratem na kontynuacje nauki prawniczej  we Włoszech na Uniwersytecie Bolońskim. Mimo kierunku Kopernika nie interesowały tematy prawnicze, a największe wrażenie zrobili na nim astronom Dominik Maria Novaro, geograf Marek z Benewentu i malarz Francesco Francia.

W 1947 roku po powrocie do ojczyzny Mikołaj całkowicie poświęcił się kanonie warmińskiej, dzięki której był w stanie się utrzymać do kresu życia.

W 1500 r. odbył wraz z bratem Andrzejem Kopernikiem podróż do Rzymu, gdzie wygłosił kilka prywatnych wykładów. Tam, w nocy z 5 na 6 listopada 1500 roku, oglądał dokładnie zaćmienie Księżyca. W 1501 r. na chwilę powrócił na Warmię, po czym 28 sierpnia 1501 dostał zgodę kapituły warmińskiej na rozpoczęcie następnych studiów medycznych na Uniwersytecie w Padwie, realizując studia prawnicze. Wraz z bratem Andrzejem wkrótce udał się do Italii powtórnie.

We Włoszech studiował także filologię grecką, ukończył studia medyczne na stopniu licencjackim co pozwoliło mu na prowadzenie praktyki lekarskiej. W 1503 roku obronił doktorat z prawa kanonicznego w Ferrarze. Chwilę przed tym wydarzeniem zajął się scholasterią wrocławską św. Krzyża.

Pod koniec roku wrócił do Polski i pomagał wujowi biskupowi warmińskiemu, po czterech latach udał się do Lidzbarka gdzie czynnie brał udział w życiu biskupim. Mikołaj miał możliwość podjęcia się kariery w ślad za wujem, jednak wybrał drogę naukową. Wywołało to konflikt z członkiem rodziny, zatem opuścił Lidzbark i skierował się do Fromborka, gdzie pełnił rolę kanclerza kapituły i oddawał się pracy naukowej.