Debido a las condiciones en las que se encontraba la madre de Naruto, quien era la Jinchūriki del Nueve Colas, el nacimiento de Naruto se tuvo que realizar de manera muy cautelosa. Cuando llegó el momento de dar a luz, el sello que contenía a la bestia dentro de la Jinchūriki se debilitó,siendo entonces necesario fortalecerlo tras el final del parto. Naruto nació en un cuarto protegido por una barrera y dicho nacimiento sólo fue presenciado por sus padres, Kushina Uzumaki y Minato Namikaze, además de Biwako Sarutobi, esposa de Hiruzen Sarutobi, y Taji, una ninja médico que prestó su ayuda durante el nacimiento.

Una vez nació Naruto, Minato estaba a punto de fortalecer el sello de Kushina, pero apareció un hombre enmascarado quien secuestró a Naruto. Minato logra salvar a Naruto pero, debido a esto, es incapaz de proteger a Kushina, quien es raptada por el enmascarado. El enmascarado reveló que su intención era liberar al Nueve Colas para atacar a la aldea de la hoja, aprovechando la debilidad en la que se encontraba el sello de Kushina. Minato colocó a Naruto y, posteriormente, a una Kushina debilitada en un casa de seguridad mientras él decidió encargarse de la situación. Finalmente, el Nueve Colas demostró un gran poderío y Minato decidió sellar una parte del chakra del Nueve Colas dentro de Naruto para que se convirtiera en un JinchūrikI.

La otra parte del chakra del Nueve Colas fue sellada dentro de Minato, al mismo tiempo, Minato consideró conveniente el sellar un poco de su chakra, así como el de Kushina, en Naruto para que, una vez crezca, puedan ayudarlo en su papel como Jinchūriki. Mientras se realizaba el sellado, Minato y Kushina son atravesados por una de las garras del Nueve Colas quien intentaba matar a Naruto antes de ser sellado. Debido a esto y al sello realizado, los padres de Naruto fallecen, no sin antes despedirse de Naruto y pedirle a Hiruzen que los aldeanos de la hoja tratasen a Naruto como un héroe al lograr salvar a la aldea del Zorro Demonio de Nueve Colas.

Sin embargo, sólo unos pocos habitantes fueron capaces de cumplir esta petición, debido a que la mayoría quedó resentida por el ataque de la bestia, tratando de mala manera a Naruto durante su crecimiento. Debido a esto, Hiruzen decretó que nadie se debía enterar acerca de la verdad de Naruto para que los otros niños no lo tratasen diferente y no lo marginaran. De todas maneras, la mayoría de los chicos mantuvieron la misma actitud de desprecio de sus padres hacia Naruto, provocando que, en su mayor parte del tiempo, Naruto se encontrara solo. También Hiruzen consideró prudente que nadie le contara a Naruto que su padre era el Cuarto Hokage. Toda esta situación provocó en Naruto la necesidad de resaltar para no pasar desapercibido. Posteriormente Naruto entró en la Academia Ninja.

Un día, mientras estaba jugando solo en el columpio cerca de la Academia, Naruto presenció cuando un grupo de matones molestaba a Hinata Hyūga por sus ojos y decidió intervenir. Naruto se presenta ante los matones como el próximo Hokage y como lo superaban en número, los agresores golpearon a Naruto y destrozaron la bufanda roja que traía puesta. Sorprendida por ver cómo Naruto la había protegido, Hinata da las gracias, mientras que Naruto dejó la bufanda porque estaba arruinada despidiéndola con una sonrisa para que no se preocupara.

Un día, en el anime, Naruto fue confrontado por Sakura Haruno, Ino Yamanaka, Shikamaru Nara y Chōji Akimichi. Ellos le reclamaron por alguien llamado Yota, quien de repente desapareció. Naruto negó conocer a la persona por la que ellos preguntaban y luego, ante la insistencia de éstos, Naruto se va molesto al ver que las miradas de los chicos eran similares a las de los demás aldeanos. Más tarde, cuando se encontraba en el bosque, Naruto oye a un chico que se encontraba llorando así que decide encontrarlo. Luego descubre que el clima tenía relación con las emociones del chico. Naruto se dio cuenta que ese era Yota, el chico que los demás estaban buscando. Yota mostró simpatía a Naruto y le pidió que le enseñara a silbar, Naruto se muestra confundido ante la petición pero se da cuenta que Yota ya lo había visto silbando y de allí viene el deseo.